Журнал « Андрология и генитальная хирургия» был зарегистрирован Министерством РФ по делам печати и средств массовой коммуникации 28 апреля 2000 года (ПИ № 77—3324)

01 февраля 2013 года была проведена перерегистрация в Роскомнадзор в связи со сменой учредителей, уточнением тематики. (ПИ № ФС77-52674).

В настоящее время учредителем является Профессиональная ассоциация андрологов России

Первое заседание редколлегии состоялось в мае сразу после получения свидетельства о регистрации и осенью уже вышел первый номер журнала. Очередность выхода журнала 4 раза в год.

Появлению журнала предшествовало создание в 1996 году Профессиональной ассоциации андрологов России (ПААР).

Андрология как наука стремительно развивалась. ПААР к тому времени насчитывала в своих рядах более 1000 членов. Единственным профильным изданием был журнал «Урология», куда с неохотой принимались статьи по андрологической тематике. А потребность в научных публикациях была очень высока. Это явилось предпосылкой для создания журнала «Андрология и генитальная хирургия»

За все 19 лет своего существования журнал всегда выходил вовремя и регулярно. Не было пропущено выхода в свет ни одного номера.

Основным принцип, который был заложен при создании журнала - рецензирование статей, регулярные заседания редколлегии для обсуждения присланных статей и рецензий на них и принятия решения о публикации. Редакционная коллегия является стабильным коллективом, кворум на каждом заседании

Количество членов редколлегии составляет 25 человек, из них 22 являются докторами наук, профессорам, руководителями кафедр или подразделений. Также в составе 3 доцента - кандидаты медицинских наук, которые также являются ведущими учеными.

Редакционный Совет международный и состоит из 9 ведущих профессоров (Россия, Италия, США, Польша)

Журнал включен в «Белый список». С 2010 года входит в перечень изданий ВАК (Перечень ведущих рецензируемых научных журналов, рекомендуемых для опубликования основных научных результатов диссертаций на соискание ученой степени кандидата и доктора наук). В октябре 2019 г. принято решение о включении журнала в БД Scopus. 

Учитывая междисциплинарность журнала, в 2012 году он был структурирован на 9 рубрик (секций).

• Генитальная хирургия
• Андрологическая урология
• Андрологическая эндокринология
• Детская урология-андрология
• Сексуальная медицина
• Генитальная дерматология
• Доказательная андрология (медицина)
• Нейроандрология
• Мужская репродукция

Все члены редколлегии были распределены по секциям в соответствии с их специализацией,

Такая детализация существенно раскрыла научный потенциал журнала и привело к расширению спектра и количества публикуемых статей.

Второй год журнал выходит в гибридной версии, что связано с цифровизацией научных публикаций (дайджест научных зарубежных публикаций и научных мировых конгрессов в виде QR-кода).